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《規定》是全國排污許可管理的首個規范性文件，依據《環境保護法》《水污染防治法》《大氣污染防治法》《行政許可法》等法律和《實施方案》的要求，從國家層面統一了排污許可管理的相關規定，主要用于指導當前各地排污許可證申請、核發等工作,是實現2020年排污許可證覆蓋所有固定污染源的重要支撐，同時為下一步國家制定出臺排污許可條例奠定基礎。
《規定》明確，環境保護部按行業制訂并公布排污許可分類管理名錄，分批分步驟推進排污許可證管理。環境保護部根據污染物產生量、排放量和環境危害程度的不同，在排污許可分類管理名錄中規定對不同行業或同一行業的不同類型排污單位實行排污許可差異化管理。對污染物產生量和排放量較小、環境危害程度較低的排污單位實行排污許可簡化管理。縣級環境保護主管部門負責實施簡易管理的排污許可證核發工作，其余的排污許可證原則上由地（市）級環境保護主管部門負責核發。
《規定》要求，排污許可證應當載明下列許可事項：排污口位置和數量、排放方式、排放去向等；排放污染物種類、許可排放濃度、許可排放量；法律法規規定的其他許可事項。地方人民政府制定的環境質量限期達標規劃、重污染天氣應對措施中，對排污單位污染物排放有特殊要求的，應當在排污許可證中載明。排污許可證應當載明下列環境管理要求：污染防治設施運行、維護，無組織排放控制等環境保護措施要求；自行監測方案、臺賬記錄、執行報告等要求；排污單位自行監測、執行報告等信息公開要求；法律法規規定的其他事項。
《規定》對排污許可證申請、核發、管理的具體程序、申請材料和辦理期限作出了詳盡規定。《規定》明確，現有排污單位應當在規定的期限內向具有排污許可證核發權限的核發機關申請領取排污許可證；新建項目的排污單位應當在投入生產或使用并產生實際排污行為之前申請領取排污許可證。環境保護部制定排污許可證申請與核發技術規范，排污單位依法按照排污許可證申請與核發技術規范提交排污許可申請，申報排放污染物種類、排放濃度等，測算并申報污染物排放量。排污單位對申請材料的真實性、合法性、完整性負法律責任。
《規定》強調，環境保護主管部門應依據排污許可證對排污單位排放污染物行為進行監管執法。對投訴舉報多、有嚴重違法違規記錄等情況的排污單位要提高抽查比例。對檢查中發現違反排污許可證行為的，應記入企業信用信息公示系統。鼓勵社會公眾、新聞媒體等對排污單位的排污行為進行監督。
《規定》明確，排污許可證的申請、受理、審核、發放、變更、延續、注銷、撤銷、遺失補辦工作應當在國家排污許可證管理信息平臺上進行。排污許可證的執行、監管執法和社會監督等信息應當在國家排污許可證管理信息平臺上記錄。環境保護部負責建設、運行、維護、管理國家排污許可證管理信息平臺，各地現有的排污許可證管理信息平臺應實現數據的逐步接入。
