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2001年以來，云南省玉溪通海縣環保局切實加強對該廠的監管，定期不定期多次進行現場檢查，針對該廠存在的環境隱患，將該廠進行掛牌督辦，消除污染隱患。通過部門督促和企業努力，至2006年底，該廠新的廢水環保治理設施(目前在用)建成使用，生產廢水基本能做到循環使用不外排。2007年至今，通海縣一直加強對該廠的監督檢查，未發現該廠直接向雞脖子水庫排放過生產廢水。
7月18日，通海縣環保局執法人員對該廠進行了現場檢查。經調查發現，三義造紙廠污泥制板生產線、調節池和生化池周邊地面尚未完全硬化，管理混亂，存在跑冒滴漏現象，且在該廠西面石擋墻上，可見明顯滲漏痕跡。雖然在此次調查中未發現該廠將生產廢水直接排放到雞脖子水庫的情況，但檢查發現的問題表明該廠在生產過程中對雞脖子水庫及周邊存在環境污染隱患。
針對存在的問題，7月22日，通海縣環保部門對該廠下發了《責令改正違法行為決定書》，責令其立即停產整改，并立案調查。處理結果將及時公開公示。同時，通海縣對企業相關負責人及有關部門負責人進行處理。
目前，該廠仍在停產整改中。
